Das Land Salzburg, die Stadt Salzburg und die Salzburger Gemeinden tragen einen wesentlichen Teil der Gesamtkosten der Universität. Darüberhinaus gibt es eine Reihe von Sponsoren.

Zum Studium der Humanmedizin werden jedes Jahr 42 Studierende zugelassen. Die Studiengebühr an Paracelsus Medizinischen Privatuniversität (PMU) beträgt € 9.530,-- pro Jahr.

Das MD/Ph.D. Programm ist ein interdisziplinäres postgraduelles Studium mit dem Ziel einer projektorientierten Ausbildung in Molekularer Medizin. Das Ph.D. Studium steht Personen mit erfolgreich abgeschlossenem Universitätsstudium der Humanmedizin oder der Zahnmedizin offen. Die Teilnehmerzahl für das Ph.D. Studium ist auf jährlich 10 Bewerber begrenzt. Aufgenommen werden erstklassig qualifizierte und gut ausgebildete Mediziner, die sich während des Studiums für naturwissenschaftliche Fragen interessiert und mit solchen befasst haben. Die Teilnahme an Veranstaltungen im Rahmen des Ph.D. Studiums wird den Studierenden kostenlos ermöglicht. Auch die Bereitstellung des Arbeitsplatzes mit der entsprechenden Ausstattung wird seitens der betreuenden Abteilung ohne Kosten für die Studierenden zur Verfügung gestellt. Für 4 Studierende können sogar Stipendien in der Höhe von 10x € 1.000.-/monatlich gezahlt werden.

Mit 15. Oktober 2007 wird das Studium der Pflegewissenschaft, welches vom Österreichischen Akkreditierungsrat akkreditiert wurde, an der Paracelsus Medizinischen Privatuniversität angeboten. Die Universität reagiert damit auf soziale, demographische und medizinische Entwicklungen, um die Zukunft der Pflege bedürfnisgerecht mitgestalten zu können. Es gibt einen Bachelor (erstmaliger Start 15.10.2007) und einen Master (erstmaliger Start Oktober 2010). Die Studiengebühr für den Bachelor beträgt Euro 4.000,- pro Studienjahr.